به طور متوسط 40-30 درصد تخم های شتر مرغ در ایالات متحده بی نطفه هستند.

با توجه به قیمت های کنونی بازار این میزان بی نطفگی خسارت های مالی بسیار زیادی در پی خواهد داشت .

برای پی بردن میزان بی نطفگی ، تخم ها را در 10-7 روزگی انکوباسیون مورد نوربینی  قرار می دهند. به این ترتیب تخم های بی نطفه تحت عنوان تخم ها ی « شفاف » مشخص می گردند. برای تمایز تخم های نابارور و تلفات اولیه جنینی تخم شتر مرغ های شفاف را می شکنند. با شکستن تخم شتر مرغ در ناحیه کیسه هوایی صفحه رویانی مشخص می شود و از نظر رشد احتمالی جنین مورد بررسی قرار می گیرد. بهتر است این کار در 10-5 روز اول انکوباسیون صورت گیرد چرا که پس از پایان دوره انکوباسیون نمی توان تلفات اولیه جنینی را تشخیص داد. مرگ و میر اولیه جنینی علل بسیاری دارد که عبارتند از: کمبودهایی تغذیه ای ، سموم، نگهداری نادرست تخم شتر مرغ ها و روش های غلط انکوباسیون

عدم توانایی در جفت گیری به دلیل مشکلات رفتاری مشخص ترین عامل بی نطفگی تخم شتر مرغ ها است. با وجودی که شتر مرغ ها در طبیعت زندگی جمعی را دوست دارند و یک نر چند ماده را بارور می کند؛ ولی نرها به یکی از ماده ها تمایل بیشتری نشان می دهند. درصورتی که امکان انتخاب جفت به نرها داده نشود ناسازگاری بین نرها و ماده ها زیاد می شود. شرایط محیطی نیز ممکن است موجب ناباروری رفتاری شوند. نزدیکی بیش از حد فارم به خطوط برق فشار قوی، کارخانجات و یا تأسیسات نفتی، وجود حیوانات موذی و جابه جایی شتر مرغ ها بین پن ها در رفتارهای طبیعی تولید مثلی طیور ها اختلال ایجاد می کند.

ناباروری فصلی در اوایل تولید مثل یعنی هنگامی که ماده ها به تولید آمده ولی نرها هنوز اسپرم بالغ تولید نکرده اند به وفور مشاهده می شود. هر چه به انتهای فصل تولید مثلی نزدیک می شویم و نیز در دماهای بسیار بالا یا بسیار پایین باروری کاهش می یابد. تاکنون مدرکی دال بر تأثیر عوامل تغذیه ای بر باروری شتر مرغ ارائه نشده است .

عوامل آناتومیکی ناباروری عبارتند از حالت های غیر طبیعی درآلت تناسلی نظیر انحراف قضیب و یا عدم وجود شیار منی که می توانند مانع از جفت گیری شوند. شتر مرغ ماده ممکن است بر اثر بد شکلی های لوله رحمی و یا موقعیت نامناسب اینفاندیبولوم در برابر تخمدان دچار تخمک گذاری داخلی گردند. ماده هایی که به این عارضه مبتلا هستند شکمی برآمده داشته و راست می ایستند.

عارضه دو جنسی در شتر مرغ نیز مشاهده شده است. رنگدانه سیاه در پر و بال نرها بر اثر سطوح پایین استروژن ایجاد می شود. شتر مرغ های بالغ سیاه رنگی که در آزمایش کلوآک به عنوان ماده تشخیص داده می شوند قابلیت تولید مثل نداشته و تخمدان ها یا بیضه ها و یا اندام های بینابین بیضه و تخمدان درآن ها غیر فعال هستند. برخی ماده های جوان ممکن است به رنگ قهو ه ای تیره بوده و یا حتی پرهای سیاه رنگ داشته باشند. این ماده ها را نباید با « ماده های سیاه رنگ » بالغ اشتباه گرفت چرا که بسیاری از شتر مرغ های ماده 24-16 ماهه با رسیدن به حالت بلوغ به رنگ قهو ه ای در می آیند و قابلیت تولید مثل دارند.

بیماری های تولید مثلی:

بسیاری از بیماری ها می توانند از طریق توقف تشکیل تخمک، نقص در تخمک گذاری و یا تولید تخم های غیر طبیعی و یا آلوده منجر به کاهش عملکرد تولید مثلی شتر مرغ شوند.

عوامل باکتریایی:

عفونت اویداکت ( سالپنژیت ) در شتر مرغ مشاهده شده است. عوامل ایجاد کننده و شدت عفونت بسته به مورد متفاوت است. در موارد خفیف تنها رحم درگیر می شود ( متریت ) و علایم بالینی از تولید تخم های با پوسته غیر طبیعی تا قطع تخم گذاری تغییر می کند. به دنبال این عارضه بسته به مدت یا منشاء بروز بیماری ممکن است بر اثر خستگی عضلانی لوله رحمی در طی دوران تخم گذاری و بر اثر صعود آلودگی باکتریایی از کلوآک ایجاد گردد. سالپنژیت ممکن است بر اثر انتشار عفونت از کیسه های هوایی یا به دنبال سوراخ شدن دیواره بطنی یا روده ها بر اثر نفوذ اجسام خارجی ایجاد شود.

معمولا باکتری هایی نظیر اشریشیاکوکلی، سودوموناس، آمینتو باکتر، و یا دیگر باکتری های گرم منفی از دستگاه تولید مثل این پرندگان جدا می شوند. مایکوپلاسماهایی که تاکنون از شتر مرغ جدا شده اند اختصاصی شتر مرغ بوده و با پاتوژن های دیگر طیور متفاوت اند و نقش آن ها در بروز بیماری هنوز مشخص نشده است .

ماده های مبتلا معمولا علایمی نظیر تخم گذاری نامنظم، تولید تخم های بدشکل یا بدبو و یا قطع کامل تخم گذاری از خود نشان می دهند. در معاینه بالینی هیچ مورد غیر طبیعی در درمان بدن و میزان تنفس مشاهده نمی شود . ممکن است در پایین ناحیه کلوآک مایعات تجمع یابد که در این صورت بوی نامطبوعی از پرنده متساعد می شود. تعداد  لوکوسیت ها در این ماده ها بین 20000 الی 100000 در سانتی متر مکعب خون متغیر است. درموارد حاد این افزایش لوکوسیت ها بیشتر مربوط به هتروفیل ها است. در صورتی که در موارد مزمن بیشتر لنفوسیتوز مشاهده می شود. تغییرات قابل ملاحظه ای در ترکیب شیمیایی خون دیده نشده است . با کمک آزمایشات سونوگرافی و رادیولوژی می توان به میزان و قوام ترشحات موجود در اویداکت پی برد.

بذل مایعات تجمع یافته درتشخیص ماهیت این مایعات مفید است.

درمان باید بر اساس نتایج آزمایشات کشت و تعیین حساسیت آنتی بیوتیکی میکروب های جدا شده صورت گیرد . درصورت وجود ترشحات می توان اویداکت را مورد شستشو قرار داد.

در شتر مرغ نر ممکن است عفونت از راه کلوآک به لوله های اسپرم تلقیح یابد .

معمولا باکتری های خانواده آنترو باکتریاسه از این موارد جدا شده و درمان باید بر اساس نوع باکتری جدا شده و آنتی بیوگرام صورت گیرد. پیش بینی درمان خوب است و نقش شتر مرغ نر را در انتقال سالپنژیت ویا متریت باید در نظر داشت .

پریتونیت ناشی از تخم :

پریتونیت ناشی از ورود زرده به حفره بطنی از مشکلات شایع در طیور است . پریتونیت ممکن است بر اثر عواملی نظیر عدم ورود تخمک به اینفاندیبولوم ، پارگی اویداکت ؛ عفونت بافت های اطراف و در نتیجه ضعف دیوار ؛ لوله رحمی و یا جراحات وارد بر این عضو صورت گیرد . انسداد اویداکت و یا حرکت تخم درمسیر عکس و برگشت تخم به حفره بطنی نیز ممکن است منجر به پریتونیت گردد.

حفره بطنی شتر مرغ های مبتلا حاوی مقادیر متفاوتی از مواد تشکیل دهنده زرده است و ممکن است استریل بوده و یا آلودگی باکتریایی داشته باشد . درصورت وجود آلودگی پریتونیت عمومی و چسبندگی ایجاد می شود.

پریتونیت ناشی از تخم از روی علایم بالینی و هماتولوژی قابل تشخیص است ولی برای تشخیص قطعی می توان از سونوگرافی و یا اخذ مایعات حفره بطنی ، کمک گرفت. پاسخ التهابی شدیدی که در اثر پریتونیت ایجاد می شود موجب لوکوسیتوز می شود. برای انجام کشت و آنتی بیوگرام از روش اخذ محتویات حفره بطنی استفاده می شود . برای تشخیص این که آیا درمان جراحی مورد نیاز است یا خیر می توان از سونوگرافی کمک گرفت . بسیاری از شتر مرغ ها به درمان آنتی بیوتیکی پاسخ مناسبی نمی دهند ولی در صورت وجود مقادیر زیاد زرده ، درحفره بطنی ممکن است نیاز به مداخله جراحی باشد.

عفونت ویروسی:

نوعی پاپیلوماویروس از دستگاه تولید مثل شتر مرغ های نر و ماده جدا شده ولی بیماری زایی آن هنوز مشخص نشده است. بیشتر گونه های طیور به عفونت های ویروسی دستگاه تولید مثل مبتلا می شوند. در مورد نقش احتمالی آدنوویروس ها کوروناویروس ها  و پارامیکسوویروس ها در اختلالات تولید مثلی تحقیقات بیشتری باید صورت گیرد.

باقی ماندن تخم دراویداکت:

شتر مرغ های ماده ممکن است به این عارضه دچار شوند، بروز این عارضه تا حدودی با ژنتیک ارتباط دارد ولی سوء تغذیه، سرمای هوا و یا کمبود فعالیت های بدنی نیز در تشدید این عارضه دخالت دارند. در برخی از طیور علایمی نظیر زور زدن و یا پرولاپس واژن دیده می شود ولی اکثر علایم بالیــنی خاصی مشاهده نمی شود. سونوگرافی روش با ارزشی برای تعیین وضعیت دستگاه تولید مثلی طیور ماده است. تخمدان و اویداکت تنها در دوره فعالیت تولید مثلی طیور و نیز در مواقع بیماری قابل مشاهده اند.

از طریق سونوگرافی می توان به وجود ساختارهای کیستیک در تخمدان و یا اویداکت و نیز وجود تخم یا ترشحات در اویداکت با حفره بطنی پی برد. تشخیص غیر فعال بودن دستگاه تناسلی در فصول غیر تولید مثلی فاقد ارزش است .

درمان شتر مرغ های مبتلا عبارت است از افزایش دمای محل نگهداری پرنده و تجویز کلسیم و اکسی توسین در شتر مرغ.

هرگز نباید تخم را در اویداکت شکست چرا که ضخامت پوسته بسیار زیاد است ولی روش جراحی به دفعات به کار رفته است. در صورتی که واژن دچار پرولاپس شده باشد باید ابتدا تخم شکسته شود تا اصلاح پرولاپس امکان پذیر گردد و سپس بقایای تخم خارج گردد .